José Pablo Moncayo García nació el
29 de junio de 1912, en Guadalajara, la segunda ciudad de la República Mexicana y capital del estado de Jalisco. Como todos los músicos notables de su generación, fue al Conservatorio de la Ciudad de México, donde estudió composición con Carlos Chávez (así como armonía con Candelario Huízar y piano con Hernández Moncada); mucho más tarde (1942) también tomó lecciones con Aaron Copland.
En 1931 se unió a la Orquesta Sinfónica de México como percusionista (después se convirtió en su director desde 1949 hasta 1954). Más significativamente, se asoció con Blas Galindo Dimas, Daniel Ayala Pérez y Salvador Contreras en 1934 para formar el radical "Grupo de los Cuatro", cuyo objetivo era fomentar la nueva música mexicana mientras reavivaba su espíritu nacionalista.
Siguiendo los pasos del visionario Chávez, y al igual que sus compañeros del "Grupo de los Cuatro", Moncayo comenzó utilizando ejemplos reales de la música tradicional indígena así como melodías y motivos populares sen sus composiciones. Su irresistible "Huapango", basado en bailes populares rurales, se ha convertido en su obra más famosa internacionalmente.
Como muchos de su generación, la tradición era objeto de trabajo a la luz de la estética y enfoques musicales contemporáneas. Moncayo ayudó a definir el modernismo mexicano en obras como "Amatzinac" y "Bosques", que revelan rasgos impresionistas y armonías modales. Su ópera "La mulata de Córdoba", considerado como uno de las mejores obras en toda la ópera mexicana del siglo 20, cuenta la historia de una mujer condenada a muerte por la Inquisición por ser una bruja, que desaparece en el momento de su ejecución en un nube de fuego.
La muerte de Moncayo el 16 de junio de 1958 es ampliamente vista como el fin de la escuela nacionalista de la música mexicana.
En su vida personal, Moncayo estuvo casado con Clara Elena Rodríguez del Campo, con la que tuvo dos hijas: Claudia y Clara Elena.