Después de una larga lucha en la Guerra de los Clones, la mayoría de los líderes separatistas están muertos o han sido capturados; y el consejo Jedi envía a Obi-Wan Kenobi a encontrar al Conde Dooku (Christopher Lee), líder del ejército de los droides, para llevarlo ante la justicia.

Mientras tanto el Canciller Palpatine (Ian McDiarmid), el último eslabón de los sith, una secta en conflicto con los jedi, se proclama emperador y atrae a Anakin Skywalker (Hayden Christensen) hacia el lado oscuro de la fuerza, enemistándolo con Obi-Wan (Ewan McGregor) y separándolo de su esposa Padmé Amidala (Natalie Portman), quien se refugiará en el planeta Alderaan.