Edmílson nació el 10 de Julio de 1976 en Taquaritinga, Sao Paulo, Brasil.
Desde muy joven jugó con el Sao Paulo FC, club con el que más tarde debutaría en la primera división y conseguría ganar una Liga, una Copa Libertadores de América, una Copa Conmebol y dos Recopas Sudamericanas.
En el 2000 fue traspasado al Olympique de Lyon, y debutó allí en la Liga el 6 de Septiembre de 2000 en el partido frente al Saint-Etienne que finalizó en un empate a 2.
En su segundo año en el equipo francés se proclamó de la Liga francesa, siendo el primer título para el club de Lyon.
En el 2004 fue fichado por el FC Barcelona, con el cual debutó en la Primera División de la Liga española de fútbol el 19 de Septiembre de 2002 en un partido frente al Atlético que terminó 1 a 1.
En su primera temporada logró obtener el título de la Liga española, aunque sólo disputó seis partidos por una lesión sufrida que lo mantuvo alejado de las canchas durante 7 meses.
Con el Barcelona consiguió ganar también una Copa Cataluña en el 2005, y en la temporada 2005-2006 obtuvo la Supercopa de España y la Copa de Europa.
Con la selección nacional debutó el 18 de Julio del 2000 en un partido que la selección brasileña perdió por 2 a 1 frente a Paraguay. Jugó con la camiseta amarilla en 32 oportunidades.
Se proclamó campeón del mundo en el Mundial de Corea-Japón de 2002.
Clubes:
Sao Paulo FC (1993-2000)
Olympique de Lyon (2000-2004)
FC Barcelona (2004-)
Palmarés:
Con Sao Paulo:
1 Copa Libertadores (1993)
1 Copa Conmebol (1994)
2 Recopas Sudamericanas (1993 y 1994)
1 Liga Paulista de Brasil (1998)
Con el Olympique de Lyon:
3 Ligas francesas (2001-2002, 2002-2003 y 2003-2004)
3 Supercopas de Francia (2002, 2003 y 2004)
Con el FC Barcelona:
2 Ligas españolas (2004-2005 y 2005-2006)
2 Supercopas de España (2005 y 2006)
1 Copa Cataluña (2004-2005)
Con Brasil:
Copa Mundial de Fútbol de Corea-Japón (2002)