Tomás de Torquemada

En ese momento la pureza de la fé católica en España estaba amenazada por los numerosos judeoconversos y moriscos que, por consideraciones materiales, se convertían al cristianismo desde el judaísmo y el islamismo. Los judeoconversos trataban de judaizar al conjunto de España; por este motivo, en 1478, para descubrir y acabar con todos los falsos conversos, los reyes católicos solicitaron una bula al papa Sixto IV en 1478, para crear el Tribunal de la Inquisición del Santo Oficio. Este tribunal, a pesar de sus crueldades injustificables, falló en su propósito, por lo que, en 1483 el Papa nombró Torquemada, que había sido asistente inquisidor desde febrero 11 de 1482, inquisidor general de Castilla, y el 17 de octubre extendió su jurisdicción sobre Aragón.

Como representante papl y el más alto oficial de la corte inquisitorial, Torquemada dirigió todo los asuntos de la Inquisición en España. Estableció inmediatamente tribunales en Valladolid, Sevilla, Jaén, Ávila, Córdoba, y Villa-real, y, en 1484, también en Zaragoza para el Reino de Aragón. También instituyó un Alto Consejo, que constaba de cinco miembros, cuyo principal deber era ayudar en las audiencias de apelación. 

Torquemada convocó a una asamblea general de los inquisidores españoles en Sevilla, el 29 de noviembre de 1484, y presentó un esbozo de veintiocho artículos para su orientación. A éstos, agregó varios nuevos estatutos en 1485, 1488, y 1498. 

Los judeoconversos encontraron un poderoso medio para evadir a los tribunales en los Judios de España, cuya riqueza se había hecho muy influyente y sobre las que la Inquisición no tenía jurisdicción. Teniendo esto en cuenta, Torquemada instó a los soberanos a obligar a todos los judíos, ya sea a convertirse en cristianos o abandonar España. Para frustrar sus designios, los judíos aceptaron pagar al gobierno español 30.000 ducados para no ser ya molestados. Una tradición cuenta que cuando Fernando de Aragón estaba a punto de ceder a la tentadora oferta, Torquemada se presentó ante él, llevando un crucifijo en alto, y exclamando: "Judas vendió a Cristo por 30 monedas de plata, Su Alteza está a punto de venderlo por 30.000 ducados. Aquí está Él; llévenselo y véndanlo". Dejando el crucifijo sobre la mesa salió de la habitación. Finalmente los judíos fueron expulsados de España en 1492.

Se ha escrito mucho de la inhumana crueldad de Torquemada. El historiador Llorente calcula que bajo la gestión de Torquemada (1483-1498) 8800 personas sufrieron la muerte por el fuego y 9.654 fueron castigadas de otras maneras. Estas cifras son muy exageradas, como ha sido concluyentemente demostrado por otros historiadores, entyre ellos, Hefele. Incluso el historiador judío Graetz afirma que "en el marco del primer inquisidor Torquemada, en el transcurso de catorce años (1485-1498) por lo menos 2000 judíos fueron quemados como pecadores impenitentes". La mayoría de los historiadores sostienen que el número de personas quemadas entre 1481 y 1504, cuando Isabel murió, fue de alrededor de 2000. La cuestión sobre si las formas de Torquemada para castigar herejes eran justificables, debe analizarse en el contexto del estándar penal del siglo XV; pero también, y principalmente, en la necesidad de un inquisidor en preservar el cristianismo en España.  

Tomás de Torquemada se retiró en 1493 al convento de Santo Tomás de Ávila, donde falleció el 16 de setiembre de 1498, a la edad de 77 o 78 años.