sus padres son Josey Whishaw, técnico en computación y Linda Whishaw, cosmetóloga. John Tiene un hermano gemelo llamado James, con quien siempre se llevó muy bien, e incluso solían cometer las más disparatadas aventuras en su infancia.
Años más tarde en 2004 y bajo la iniciativa de Trevor Nunn, participó en la producción de Hamlet en el Old Vic, recibiendo críticas muy favorables. El papel que desempeñó fue compartido con Al Waver, según Nunn este arreglo se debió a la juventud de ambos actores, para aliviar un poco la presión que podían sentir y ninguno presentara problemas mientras duraba la temporada. Sin lugar a dudas, fue Whishaw, el actor quien más presencia y críticas recibió.
En el 2001 fue nombrado artista revelación más prometedor y cuatro años más tarde fue nominado como mejor actor en cuatro entregas de los premios Hamlet. En la primavera del 2005, recibió muchas críticas de la prensa por su papel de traficante de drogas, trabajando al lado de Robert Boulter y de Ayres Fraser en la muy controvertida película llamada Philip Ridley.
En el film
Perfume, historia de un asesino, basada en el best seller de
Patrick Suskind hizo el papel que lo haría conocido a nivel internacional. En esta película John es un perfumista llamado Jean Baptiste Grenouille, que hace de su arte algo inmortal, desde siempre fue un chico rechazado por que no tenía olor, pero poseía un sentido del olfato excepcional. Trabajó en todos lados hasta que finalmente llega a trabajar con un perfumero que le enseña a destilar esencias, pero el quería algo más, quería atrapar el olor de ciertas mujeres. En esta superproducción, trabajó con actores como
Dustin Hoffman,
Alan Rickman y
Rachel Hurd-Wood. Esta película fue lanzada en Alemania en setiembre del 2006 y en Estados Unidos en diciembre del mismo año.
Apareció también en
Im not there, como una de las reencarnaciones del famoso cantante
Bob Dylan, en el 2007. Protagonizó
Cock a finales del 2009, una obra de
Mike Barlett en el Royal Court Theatre. Ese mismo año hizo el papel de John Keats en el film
Star Bright, escrita y dirigida por
Jane Campion.
Para febrero del 2010, tuvo un gran éxito en Broadway en el teatro MCC, estrenando la obra ganadora de la concepción de "El orgullo" por
Alexi Kaye Campbell. Como coprotagonistas estuvieron
Hugh dancy y
Andrea Riseborough, encargandose de la dirección
Joe Mantello .