Naciódo en Fredericia, península danesa de Jutlandia, el 24 de julio de 1857,
Henrik Pontoppidan pasó toda su infancia en Randers, en cuya parroquia su padre Dines llevaba a cabo su misión de pastor luterano. Finalizados los primeros estudios, se matriculó reaciamente para estudiar Ciencias Naturales e Ingeniería en la Universidad de Copenhague, pero en 1877 finalmente encontró la fuerza para dejar los estudios y satisfacer su deseo innato de vivir y escribir libremente, rodeado de la naturaleza y lejos de la vida de la ciudad y su tradicionalismo.
Partió a Suiza, parando en el pueblo de Interlaken, en el cantón de Berna. Entre 1879 y 1880, mientras se dedicaba a enseñar en la Escuela Popular Superior cuyo director era su hermano Morten, Henrik Pontoppidan comenzó a elaborar las primeras historias, de inspiración popular y en la naturaleza, que publicó en algunos periódicos. Su primera publicación se realizó en 1881, cuando la casa editorial Schou decidió recoger sus historias en un libro llamado "Alas cortadas", en la que mostraba su proximidad a la clase rural, obligada a vivir en la miseria y la humillación; en el mismo año casó con Mette Marie Hansen, una chica de una familia campesina de Ostby.
Las modestas iniciativas editoriales le dieron algo de popularidad: frecuentaba los círculos culturales de Copenhague, donde conoció al director gerente de la editorial Gyldendal, quien lo introdujo de lleno en la esfera intelectual de la capital danesa, lo que le permitió en 1883, la publicación de otro libro de cuentos, "Imágenes del pueblo" ("Tierras-bybilleder").
Al año siguiente, se publicó, en uno de los periódicos daneses más importantes, el Morgenbladet, la historia de "El oso polar" ("Jsbjornen"). Entre 1887 y 1889 escribió primero en el diario "Politiken" y luego en "La Gaceta de la Bolsa" (Borstidende), fundada por su amigo, el filósofo y crítico literario George Brandes.
Después de diez años de matrimonio no propiamente idílicos, en 1891 se divorció de su primera esposa; este cambio coincidió con el inicio de la fase literaria menos idealista y más arraigada en la historia y en la realidad socio-cultural danesa, con obras que lo consagrarían a la fama. Con "La tierra" Pontoppidan comenzó la publicación de la trilogía "The Promised Land" ("Det forjcettede Land"), que continuaría con "La tierra prometida" (1892) y "Día del Juicio" (1895). En 1892 viajó a Italia, inmediatamente después de contraer un segundo matrimonio.
Mientras tanto continuó su producción literaria unida a su actividad periodística, con numerosos viajes que, entre 1893 y 1914, llevó a cabo por varios países de Europa (Escandinavia, Alemania, Suiza, Austria, Italia).
En 1898 comenzó la publicación de "Pedro el afortunado" ("Para Lykke"), novela escrita en ocho volúmenes que concluiría en 1904, seguida por "El Reino de los Muertos" ("De Dodes Rige", 1912-1916).
En 1917 obtuvo, "ex aequo" con Carl Gjellerup, el Premio Nobel de Literatura "por sus descripciones reales de la vida moderna en Dinamarca" y, dos años más tarde, la Universidad de Lund le confirió el título "honoris causa" en Filología.
En 1927 publicó "El paraíso del hombre" ("Mands Himmerig"): en esta, como en muchas otras obras, reveló una crítica ferozmente realista y escéptica del liberalismo danés, que describió como frágil y vacuo, poniendo en evidencia los conflictos sociales y religiosos sin resolver. Su último trabajo es la notable autobiografía "En la búsqueda de mí mismo" ("Undervejs til viento mig salvaje"), publicadaen 1943, el año de su muerte.
Henrik Pontoppidan murió en Charlottenlund el 21 de agosto de 1943, a los 86 años de edad. Es considerado como el representante más autorizado del naturalismo danés.
Otras obras de Pontoppidanson: "La comunidad de sandige" (1883); "Young Love" (1885); "Mimosas" (1886); "A partir de las cabañas" (1887); "Nubes" (1890) y "El viejo Adán" (1895).